Filozofický ústav vznikol v roku 1946 ešte v rámci Slovenskej akadémie vied a umení. V roku 1953 sa stal súčasťou Slovenskej akadémie vied. V roku 1975 bol zlúčený so Sociologickým ústavom pod názvom Ústav filozofie a sociológie SAV. V roku 1990, keď sa oba ústavy opäť osamostatnili, vrátil sa k svojmu pôvodnému názvu.

Filozofický ústav SAV sa zameriava na základný výskum v oblasti logiky a metodológie vied, sociálnej a politickej filozofie, fenomenológie, dejín filozofického a politického myslenia na Slovensku. Výskum sa uskutočňuje na oddeleniach prostredníctvom riešenia grantových úloh. Predmetom skúmania je vývin logiky a metodológie vied na Slovensku, aktuálne otázky sociálneho poznania s dôrazom na povahu sociálneho faktu a metafyziku konania, metodológia sociálnych vied s dôrazom na analýzu miesta a funkcie praktického usudzovania pri vysvetľovaní a chápaní ľudského konania. Skúmajú sa problémy analytickej filozofie, filozofie jazyka, filozofie a metodológie prírodných vied a filozofie mysle.